Sequenzierung meines eigenen Genoms: Überblick über Direct-to-Consumer-Services zur Sequenzierung meines Genoms

Während meiner Promotion habe ich Tausende pseudonymisierte Genome analysiert, darunter Short-Read-Sequenzierungen und Genotypisierungsarrays, und nach Zusammenhängen zwischen Genotypen und Phänotypen gesucht. In 2020 habe ich dieses Gebiet verlassen, aber der Wunsch nach einer persönlichen “Karte” blieb bestehen. Vor kurzem habe ich mich entschlossen, mein eigenes Genom sequenzieren zu lassen, um den praktischen Nutzen der persönlichen Genomik zu erforschen und zu sehen, wie weit sich dieses Gebiet weiterentwickelt hat, von neuen Zusammenhängen bis hin zu polygenen Risikobewertungen.

Mein Beitrag zur Entdeckung von genetischen Merkmalen

Während meiner Promotion habe ich gelernt, wie schwierig es ist, aus genetischen Daten zuverlässige Signale zu extrahieren. Ich war als Bioinformatiker an einer genomweite Assoziationsstudie (GWAS) beteiligt, bei der ich die In-silico-Analysen geplant und durchgeführt habe. Wir konnten eine neue Assoziation am Gen-Lokus SIGLEC5 mit dem Risiko für aggressive Parodontitis, einer seltenen, schweren, früh auftretenden Form der Erkrankung, identifizieren und das, obwohl die Kohortengröße für die realen Effektegrößen häufiger Varianten zu klein war (Munz et al. Hum Mol Genet. 2017). Anschließend tauchte der SIGLEC5-Lokus erneut in einer deutlich größeren Meta-Analyse, bei der Parodontitis und Proxy-Phänotypen kombiniert wurden, erneut auf (Shungin et al. Nat Commun. 2019). Es war der einzige Risikolokus, der genomweite Signifikanz erreichte. Diese unabhängige Validierung bestätigte, dass ich bei meiner Analyse und Qualitätskontrolle, das sind meiner Meinung nach wichtige Grundpfeiler guter Wissenschaft, korrekt gearbeitet hatte und darauf bin ich bis heute sehr stolz. Dies gilt insbesondere angesichts der Tatsache, dass sich viele Signale, die zunächst in kleineren Kohorten beobachtet werden, nicht reproduzieren lassen: manchmal, weil es sich um falsch-positive Ergebnisse handelt, aber auch, weil die tatsächlichen Effekte geringer sind und die anfänglichen Effektgrößen durch den “Winner’s Curse” überhöht sind, sowie aufgrund der Heterogenität der Phänotypen (Zou et al. G3 2022).

Warum gerade jetzt?

Preisgestaltung

Traditionelle Direct-to-Consumer-Genetik (D2C) von Unternehmen wie 23andMe bedeutete früher eine vordefinierte Auswahl von genetischen Varianten, die mittels Genotypisierungs-Arrays gemessen wurden, aber keine echten Gesamt-Genom-Daten (Whole Genome Sequencing, WGS), und Sequenzierungen in Forschungsqualität waren für private Zwecke zu teuer. Heute ist eine 30-fache WGS über D2C ab etwa 300 € pro Genom zu bekommen, und viele Dienste ermöglichen den Download der Rohdaten. Der Weg über Forschungslabore (z. B. Eurofins CeGaT) ist keine wirkliche Alternative: Diese Unternehmen bieten in erster Linie Business-to-Business-Dienstleistungen (B2B) an und sind für Institutionen optimiert, beispielsweise müssen die Proben als EDTA-Blut oder isolierte DNA eingesendet werden, was für Privatkunden kaum zu realisieren ist.

Datenschutz und Eigentumsrechte

Auch Datenschutz und Eigentumsrechte sind inzwischen klarer definiert als früher: Seit 2018 fallen genetische Daten in Europa unter eine Sonderkategorie gemäß Artikel 9 der DSGVO. Die Verarbeitung solcher Daten ist generell verboten, es sei denn, eine der Bedingungen in Artikel 9 Absatz 2 trifft zu (für D2C-Dienste ist dies in der Regel eine ausdrückliche Einwilligung durch den Kunden) und es liegt eine rechtmäßige Grundlage gemäß Artikel 6 vor; die Weitergabe und grenzüberschreitende Übermittlung erfordern eine gültige Rechtsgrundlage und Transparenz. Seit 2022 fallen In-vitro-Diagnostiktests, die für Gesundheits- oder medizinische Zwecke vermarktet werden, einschließlich D2C-Gentests mit gesundheitsbezogenen Angaben, unter den EU-IVDR-Rahmen und die damit verbundenen Leitlinien, was eine CE-Kennzeichnung, Risikoklassifizierung, Leistungsbewertung (analytisch und klinisch), Qualitätsmanagement und Überwachung nach dem Inverkehrbringen vorschreibt. Dies ist gerade jetzt von Bedeutung, da die jüngsten Ereignisse im Zusammenhang mit 23andMe potenzielle Risiken beim Verkauf oder der Weitergabe von genetischen Daten aufgezeigen (New York State Attorney General, Reuters, AP).

D2C-WGS-Dienste

Die folgende Tabelle listet D2C-WGS-Dienste auf, die ihre Preise öffentlich auf ihren Websites angeben und Speichelproben akzeptieren. Eine umfassendere, wenn auch veraltete Übersicht finden Sie unter whichgenome.com.

Unternehmen	Standort (Primäres Recht)	Preis für ≥30× WGS	Rohdaten-Download?
tellmeGen	Spanien (EU / DSGVO)	299 €	Als Fastq oder VCF herunterladbar
Dante Labs	Italien (EU / DSGVO)	Ab 399 €	Als Fastq, BAM oder VCF herunterladbar
DNA Complete (Nebula Genomics)	USA (US-Recht)	Ab 495 $	Als Fastq, BAM oder VCF herunterladbar
Sequencing.com	USA (US-Recht)	Ab 399 $	Als Fastq oder VCF herunterladbar
YSEQ	Deutschland (EU / DSGVO)	Ab 399 $	Als BAM herunterladbar

Fazit

Ich habe mich wegen der Erfahrungsberichte und Preise für tellmeGen entschieden. Durch die Nutzung eines Sonderangebots konnte ich den Endpreis um 10 % auf 260,10 € reduzieren. Das Kit kann auch über Amazon bestellt werden. Es ist bereits mit meiner Probe auf dem Rückweg. Ich hoffe, dass die Sequenzierung nicht zu lange dauert, und freue mich darauf, mein eigenes Genom zu erforschen.