Von der Wissenschaft zur Langlebigkeit: Wie ich dafür sorge, dass meine Software weiterlebt

Im Sommer 2020 habe ich mich von akademischen Welt verabschiedet und bin in die pharmazeutische Industrie gewechselt, wo ich seither tätig bin. Zuvor war ich ab 2015 rund sechs Jahre lang als Doktorand und Postdoc im universitären Umfeld tätig. Während dieser Zeit drehte sich ein großer Teil meiner Arbeit um die Entwicklung von Software-Tools zur Analyse großer biomedizinischer Datenmengen. Einige dieser Tools entwickelten sich zu größeren Projekten, die schließlich als R-Pakete im Bioconductor-Repository veröffentlicht (MouseFM und Qtlizer) oder als webbasierte Dienste zur Verfügung gestellt wurden (Genehopper und Qtlizer).

Die Wartung von akademischer Software ist jedoch oft mit einem kurzfristigen Verfallsdatum verbunden, da es selten Nachfolger gibt, die die Pflege übernehmen. Prof. Jeanette Erdmann (†2023), ehemalige Leiterin des Instituts für Kardiogenetik an der Universität Lübeck, wo ich promoviert habe, übernahm netterweise die Hosting-Kosten so lange, wie es die Journals für die Verfügbarkeit der Software forderten. Diese Zeit ist allerdings schon seit einiger Zeit vorbei und seitdem habe ich mit der Entscheidung gerungen, wie es weitergehen soll.

Einerseits wäre es die einfachste Lösung gewesen, alles abzuschalten. Andererseits stecken in diesen Tools jahrelange Mühe, Hingabe und Leidenschaft - ein wichtiger Teil meiner Zeit in der Wissenschaft, den ich nicht missen möchte. Noch wichtiger ist, dass sie immer noch genutzt werden. Obwohl die Datenbank in die Jahre gekommen ist, funktionieren sie immer noch problemlos und ich erhalte gelegentlich Nachrichten von Nutzern, die sich auf diese Tools verlassen, wenn die Server aufgrund von Zahlungsverzögerungen vorübergehend offline gehen.

Letztendlich habe ich mich dazu entschieden, nicht loszulassen, sondern die serverseitige Software so zu verpacken, dass sie einfacher zu warten ist und langfristig mit minimalen Eingriffen betrieben werden kann. Meine Lösung? Ich packte die Software in Docker-Container.

Docker ist eine Containerisierungs-Technologie, die ich schon seit einiger Zeit verwende. Es zaubert mir immer noch jedes Mal ein Lächeln ins Gesicht, wenn ich sehe, wie mühelos sie die Dinge vereinfacht, indem sie Abhängigkeitsprobleme beseitigt. Sie ermöglicht es, Anwendungen mit all ihren Abhängigkeiten, Bibliotheken und Konfigurationen in eine isolierte Umgebung zu verpacken. Anders als bei traditionellen Server-Setups, bei denen Softwareinstallationen oft mühsam sind und Systemabhängigkeiten im Laufe der Zeit brechen können, stellt Docker sicher, dass die Software überall genau gleich läuft, egal ob auf einem lokalen Rechner, einer Cloud-Instanz oder einem anderen Server.

Mit Docker konnte ich meine Services mit minimalem Aufwand auf einen neuen Virtual Private Server (VPS) umziehen und dabei die Hosting-Kosten um zwei Drittel senken. Nun laufen meine Tools mit deutlich geringerem Wartungsaufwand weiter, so dass sie der Forschungsgemeinschaft auch in absehbarer Zukunft zur Verfügung stehen werden. Ich werde den letzten gelegentlichen Kontakt mit den wenigen Gesichtern vermissen, die ich am Institut noch kenne.